يتم تخزين جذور الهندباء البرية التي تم حصادها في صناديق خشبية كبيرة تبلغ سعتها 2 متر مكعب و يتم حفظها في مخازن باردة إلى أن يتم زراعة الجذور مرة أخرى. إن عملية تخزين جذور الهندباء البرية في مخزن بارد لها غرضان. عمل عملية تجميد تنشيطي للجذور بالبرودة. تنتقل الجذور من المرحلة الخضرية إلى المرحلة التوليدية عند التعرض للبرد. إن التغيير الفسيولوجي في جذر الهندباء البرية ضروري للسماح لرأس الهندباء البرية المغلق بالنمو على جذر الهندباء البرية. إن التخزين ضروري أيضا لضمان توفير جذور الهندباء البرية طوال السنة. ففي النهاية، فإن زراعة الرأس لا تستغرق أكثر من ثلاثة أسابيع. و لكي يكون لديك القدرة على الإنتاج المستمر، يجب أن تتم زراعة عدد معين من جذور الهندباء البرية كل أسبوع. إن هذا ما يجعل الزراعة على مدار السنة ممكنة. للتخزين لفترة أطول، يجب تجميد جذور الهندباء البرية في 1-° إلى 2-°. للتخزين لفترات قصيرة، يمكن تخزينها أيضا في درجات حرارة أعلى قليلا من درجة التجمد.